La propuesta pedagógica del Nivel Secundario del Colegio Boston se basa en un trabajo personalizado,  conformando grupos de trabajo reducidos, en los cuales se permite individualizar y abordar con mayor eficacia las diferentes situaciones pedagógicas. 

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El Nivel Secundario es el único nivel con la enseñanza de dos lenguas extranjeras: inglés y portugués. El enfoque del aprendizaje de lenguas extranjeras es comunicativo, permitiendo que las y los estudiantes puedan expresarse en el idioma deseado, fomentando tanto la comprensión y producción escrita y oral. 

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El proyecto deportivo del Nivel Secundario se basa en el cuidado del cuerpo y la conciencia de la salud física. Mediante diferentes prácticas deportivas se fortalece el desarrollo físico, la cooperación, el respeto y el fair play.

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El Nivel Secundario tiene como objetivo ofrecer situaciones y experiencias significativas que permitan a las y los estudiantes la adquisición de saberes para continuar sus estudios, fortalecer la formación de ciudadanos, y vincular la escuela y el mundo del trabajo a través de una inclusión crítica y transformadora en el ámbito productivo. Estos objetivos se ven fortalecidos por el aprendizaje de otros idiomas que posibilitan conocer otras culturas y ampliar la propia visión del mundo, dando una formación acorde con los actuales requerimientos laborales y con los nuevos modos de producción, permitiendo así un acceso a la información actualizada desde fuentes en idioma original.

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El Nivel Secundario, ubicado en Hipólito Yrigoyen 7663, se encuentra abierto de 7:15h a 17:30h.